全自动锅炉软水器系统设计为低故障率、低维护量。但是如果出现问题，本章列出了可能的原因和解决办法，控制器很容易维护，易于更换和设定，具体细节可参照相关内容。
富莱克全自动锅炉软水器在使用时进水口应该长期打开，除非是设备检修的情况下才需要关闭。如无须用水则可以关闭出水阀。
如果因为锅炉软水器设备再生不完全导致的出水不合格可以手动再生。
锅炉软水器设备在长期停用时需要将盐水吸入罐内保护。工作步骤为先备好比平时多1/2的浓盐水，将设备手动再生，等设备自行将盐水吸干净后立即将进水口关闭，同时切断电源，关闭出水阀即可。
再次投入使用时只需再备好和正常工作一样的盐水，先打开进水阀，然后接上电源，让设备自行复位后再手动再生一次完毕就可以打开出水阀。设备就可以产出合格的软化水。
全自动锅炉软水器如果在工业生产的过程中使用的工业盐太脏，应该至少每年对盐桶进行一次清洗，最好是在清洗富莱克3900全自动锅炉软水器的过程中更换一次盐井上的滤布，以保证吸盐过程能够顺利进行。
